یک روز گفتم «امسال برای آقا مصطفی سالگرد نگرفتید. آقا گفت: «آن هم مثل سایر شهداء» یعنی نظرش این بود که برای مصطفی به این عنوان که پسر اوست برنامه ای نباشد و امتیازی نداشته باشد.
در تمام سختی ها با امام بود

آنچه که من در برادرم دیدم و آن را در کمتر کسی یافتم، صراحت لهجه ایشان بود. به این معنا که حاج آقا مصطفی(ره) در مسایل اسلامی به هیچ وجه با کسی تعارف نداشت و خیلی صریح صحبت می کرد. مثلا در طول مبارزات 16-15 ساله امام(س) از سال 1342 هجری شمسی، کسی را اگر می دید که زمانی رفیقش بوده و از راه راست منحرف شده و با دستگاه همکاری می کند یا سکوت کرده است، صریحا به او می گفتند من دیگر نمی توانم با تو باشم، تو آن طرف جوی و ما این طرف، و این صراحت به حدی بود که گاهی بعضی از این دوستان وقتی او را صدا می زدند، هرگز جوابی نمی شنیدند. به همین مناسبت به قول امروزی ها خیلی ملاکی بود زیرا هرگز نمی خواست که در مسایل مختلف مماشات کند. از صفات بارز ایشان عشق و علاقه زیاد به پدرم بود. من گاهی می گفتم که این محبت از صورت علاقه فرزند و پدری خارج شده است. رابطه ایشان با پدرم فوق العاده بود و در زندگیش هم نشان داد که نسبت به امام چقدر از خود گذشتگی دارد، در تمام سختی ها با امام(س) بود و هرگز در مقابل مشکلات امام(س) بی تفاوت نمی ماند، خلاصه همه جا با ایشان بود.

خونسرد و قاطع بود

هرگز خونسردی خود را از دست نمی داد. یادم نمی رود همان موقعی که پدرم را گرفته بودند، ایشان به منزل آمده و خیلی عادی نشسته بود، با این که می دانستم به واسطه علاقه ای که به پدرم دارد تا چه حد ناراحت است ولی بسیار آرام و خونسرد بود و با حرف هایش به بقیه روحیه می داد و از این نظر ممتاز بود.
 ایشان دو نوع فعالیت داشت: اولاً فعالیت مخفیانه که به صورت پول دادن، اعلامیه منتشر ساختن، سخنرانیها و... بود  و ثانیاً کارهای علنی ایشان در حفظ بیت حضرت امام (س) در زمان زندان و تبعید امام (س)، البته خود ایشان هم به ترکیه تبعید شدند، که در هر بعد خوب عمل می کردند. دوستان و برادران ایشان در این زمینه از او کاملاً راضی هستند. از دیگر خصایل بارز ایشان قاطعیت در برخورد با مسایل بود.

بگویید احمد بیاید!
 صبح زود حدود ساعت 5 صبح با تکان هایی که به پایم داده می شد، چشم هایم را باز کرده و امام را دیدم که می گویند: «بلند شو و برو خانه مصطفی، گفته اند بروی آنجا، فکر می کنم معصومه خانم (همسر حاج آقا مصطفی) ناراحت است» چون ایشان مریض بوده و شب قبل هم دکتر رفته بودند. من با عجله به آنجا رفتم. دیدم یک تاکسی مقابل خانه ایشان (مرحوم حاج آقا مصطفی) است. وقتی به داخل منزل رفتم، آقای دعایی و یک برادر افغانی که در آنجا درس می خواند و آقای دیگری را دیدم، وقتی به قسمت بالای منزل رفتم، دیدم زیر بغل و پاهای برادرم را گرفته اند و از پله پایین می آورند. دستم را بر پیشانی ایشان گذاشتم و  گرمایی احساس کردم. او را در تاکسی گذاشتیم، ولی انگار کسی در همان لحظه به من گفت که او مرده است.
بعد از معاینه دکتر در بیمارستان و خبر فوت ایشان، من به خانه برگشتم و نمی دانستم که به امام(س) چه بگویم ولی می بایست طوری قضیه را به امام می گفتم. به قسمت بیرونی بیت امام(س) جایی که مراجعه کنندگان عمومی می آمدند رفتم و دو نفر را خدمت ایشان فرستادم که بگویند حال حاج آقا مصطفی(ره) بد شده است و ایشان را به بیمارستان برده اند. بعد از چند لحظه، امام گفتند: «بگویید احمد بیاید» من خدمت ایشان رفتم و گفتند: «من می خواهم به بیمارستان بروم و مصطفی را ببینم.» با ناراحتی زیاد بیرون آمدم و به آقای رضوانی گفتم که ایشان چنین مطلبی گفته اند، خوبست به ایشان بگوییم، دکتر ملاقات با حاج آقا مصطفی را ممنوع کرده است که حتی المقدور امام دیر از جریان مطلع شوند. قرارشد، این طور مطلب را بگویند در حالی که آنها هم از طرح این قضیه وحشت داشتند. در طبقه بالا از پنجره ای که در طبقه بالا بود امام مرا دید، صدا زد و گفت «احمد» من به خدمت ایشان رفتم. گفتند: «مصطفی فوت کرده»؟ من هم بسیار ناراحت شدم و در حال گریه چیزی نگفتم. ایشان همان طور که نشسته بود و دست هایشان روی زانو قرار داشت، چند بار انگشتانشان را تکان دادند و سه بار گفتند «انا لله و انا الیه راجعون» تنها عکس العملشان همین بود، هیچ واکنش دیگری نشان ندادند و بلافاصله آمدن افراد برای تسلیت امام شروع شد.

*لازم به توضیح است که در بدو ورود با آقای خلخالی ارتباط برقرار نمی شود و به بیت آیت الله العظمی خویی خبرورود امام داده می شود و مابقی قضایا

**حضرت امام روز 13/7/43 وارد آنکارا شدند و روز 21/8/43 یعنی هشت روز بعد بع بورسا منتقل شدند و قریب 11 ماه را در بورسا به سربردند.

 از اولین کسانی که از شهادت مرحوم حاج مصطفی مطلع شد سید محمود دعایی بود.
 او اتفاقات شب و روز شهادت سید مصطفی خمینی را چنین شرح می دهد.
 یکی از اولین کسانی که از شهادت مرحوم حاج مصطفی مطلع شد سید محمود دعایی بود. او اتفاقات شب و روز شهادت سید مصطفی خمینی را چنین شرح می دهد؛

آن روز صبح، من برای تهیه نان بیرون رفته بـودم. هـنـوز آفـتاب نزده بود، دیدم، ننه صغری که بسیار مورد احـتـرام ما بود؛ فریاد می کشد و پای برهنه می دود و به سرش می زنـد. من از دیدن این صحنه بسیار متأثر شدم. پیرزن می گفت: خاک بر سرم شد، آقا بدو. من فوق العاده وحشت زده شدم و به ذهنم چیز دیگری آمد. گفتم؛ چی شده؟ گفت: آقا مصطفی مریض است. سراسیمه رفتم دیدم که آن مرحوم پشت سجاده شان دراز کشیده اند.

ابتدا بسیار تلاش کردم با پزشکان بیمارستان نجف تماس بگیرم ولی ایـن توفیق را نداشتم، بلافاصله خود را به بیمارستان رساندم، آن هـا آن قـدر آمـادگی نداشتند که یک آمبولانس بفرستند، این لحظات بـرای مـن بـسـیـار سخت می گذشت. آن جا تصمیم گرفتم این خبر را بـدون ایـن کـه ایجاد وحشت و نگرانی کند به منزل امام برسانم ـ ایـن طـور خبرها را باید خیلی حساب شده و به اصطلاح با ظرافت به بـسـتگان رساند ـ طلبه ای آن جا بود، به او گفتم: به منزل امام مـی روی و فـقـط احمدآقا را خبر می کنی و می گویی خیلی فوری به مـنزل اخوی سر بزند. آن طلبه هم رفت و احمد آقا را صدا زد و ما مـوفـق شـدیم با یک تاکسی که به زحمت می توانست به کوچه بیاید، ایـشـان را بـه بـیمارستانی منتقل کنیم. متاسفانه در بیمارستان پـزشـک کشیک پس از معاینات اولیه تشخیص داد ایشان از دنیا رفته اند.

بـا عـلائـمی که روی پوست بدن وجود داشت، مشخص بود که مرگ طبیعی نـبـوده است و ناشی از مسمومیت می باشد. در خارج از بیمارستانی که حاج آقا مصطفی(ره) را به آن جا انتقال دادیم، یک ماشین نمره تـهـران بـود کـه پس از شنیدن خبر مرگ ایشان به طرف بغداد حرکت کرد. در همان لـحـظـات اولیه که امام از مرگ فرزند آگاه شده بودند.

ــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــ

بعد ازخبر  شهادت ایشان امام در پیامی کوتاه، چنین نوشت:

انا لله و انا الیه راجعون
در روز یکشنبه نهم ذی القعدة الحرام 1397 مصطفی خمینی، نور بصرم و مـهـجـه قـلبم دار فانی را وداع کرد و به جوار رحمت حق تعالی رهسپار شد.
اللهم ارحمه واغفر له واسکنه الجنة بحق اولیائک الطاهرین علیهم الصلوة والسلام.

نـماز را آیت الله خوئی بر بدن شهید حاج آقا مصطفی خمینی اقامه کـرد و پـس از تشییع مفصل و باشکوه که بسیاری از ایرانی ها نیز شـرکـت داشـتند، پیکر مطهرش را در حرم امام علی(ع) در کنار قبر آیت الله کمپانی اصفهانی به خا بر خویشتن تسلط داشت
افکار او خیلی بالا و بلند بود و یک جور دیگر فکر می کرد و بالاخره درک ایشان از مسایل طور دیگری بود. او خیلی باهوش و با قدرت نسبت به مسایل می نگریست و بسیار بر خود تسلط داشت، بسیار عبادت می کرد، همیشه شب ها بیدار بود و تا صبح به دعا و نیایش می پرداخت و من اکثرا صدای او را که با صدای بلند گریه می کرد، می شنیدم، خط او، خط اصیل قرآن بود.
او همه چیز را به خوبی درک می کرد، اما هیچ کس نتوانست او را درک کند، حتی من هم نتوانستم او را درک کنم، او بالاتر از همه بود. حاج آقا مصطفی(ره) از قدرت های شیطانی رنج می برد و همواره یار مستضعفان بود و همیشه به آنها فکر می کرد.
ایشان تألیفات متعددی دارد، که بعضی از آنها چاپ نشده است، ایشان فقط راجع به سوره حمد حدود 1000 صفحه تفسیر نوشته اند و 46 آیه از سوره مبارکه بقره را نیز تفسیر نموده اند؛ تفسیرهایی که شاید از لحاظ بلاغت و معنی بی نظیر باشد، به طوری که هر کس از فقیه و فیلسوف گرفته تا مهندس و عامی می تواند آن را درک و از آن برداشت کند و طبعا کسی می تواند این گونه تفسیر ارائه دهد که خود دارای همه این ابعاد باشد.

مرحوم والد مهمترین وظیفه خود را در حفظ امام(س) می دانست. کوشش می کرد تا ایشان را در مقابل دشمنی ها و توطئه های گوناگون، چه از داخل روحانیت و چه از خارج آن حفظ کند. به لطف خدا، در این مهم نیز موفق بود. اما از آنجا که اول عشق ایشان به امیرالمؤمنین(ع) بود، خداوند چنین صلاح دید که در جوار ایشان بماند و تقدیر چنین بود که پیروزی انقلاب را نبیند، در حالی که برای پیروزی پدرش همیشه دعا می کرد تا به اهداف و آمال عالیه اش برسد.
برای رفتن آماده بود
با وجود این که سن زیادی نداشت، اما احساس می کرد که وظایف خود و فعالیت هایی را که لازم بوده، انجام داده است. لذا، برای رفتن آماده بود. اهل این حرف ها نبود، ولی یادم هست یک بار می گفت: «وقتی فکر می کنم، می بینم در مجموع، ما کارهایمان را در این دنیا کرده ایم و اگر برویم، بد نیست.» این حاکی از جدی بودن این قضیه نزد ایشان بود.
هیچ کسالتی نداشت؛ حتی یادم هست یک ماه پیش از فوت، آزمایش داده بود و از لحاظ جسمی ایشان را کاملا سالم تشخیص داده بودند. البته گاهی درد دست یا قولنج های شدید پیدا می کرد، ولی نارسایی قلبی نداشت و سرحال و فعال بود. وقتی هم این اتفاق رخ داد،امام(س) در همان ابتدا، آن را یک حادثه مشکوک دانستند و جای شک هم بود؛ چون دوستان و دشمنان گوناگونی داشت.
ساده زندگی می کرد

در زندگی، کاملا بی آلایش و ساده بود و همین کمک می کرد که بتواند در زمینه های علمی، موفقیت بیشتری داشته باشد. در حقیقت با زندگی و مسایل آن خود را درگیر نمی کرد و زندگیش به سادگی جریان پیدا می کرد. والده ام و صغری (خدمتکار منزل) چرخ زندگی را آن گونه که لازم بود می چرخاندند و ایشان به طور منظم برنامه خواب و خوراک و فعالیت های علمی خود را انجام می داد.
در کنار پدر
پس از ملحق شدن مرحوم والد به امام(س) در ترکیه، ایشان می گفت: وقتی وارد شدم، دیدم امام (س) نشسته اند، پرده ها را کشیده اند و تنها و ناراحتند. از نظر دولت ترکیه، آنها مورد توجه و احترام بودند و از حیث وضعیت زندگی به آنها توجه می شد. می گفت: پرده ها را کنار زدم و به ایشان گفتم: «نگاه کنید، اینجا جای بدی هم نیست.» بعد، بیرون رفتیم و گشتی زدیم و بعضی وسایل لازم را خریدیم. قریب دو ماه در آنکارا بودند. پس از آن به «بورسا» رفتند و قریب نُه ماه هم در آنجا ماندند.** در بورسا، تحت نظر مأموران امنیتی ترکیه به سر می بردند. اقامت آنها هم در منزلی متعلق به یکی از رؤسای امنیتی آنجا به نام علی بیگ بوده است. خانه مسکونی علی بیگ در کنار این منزل قرار داشته و ظاهرا نسبت به امام(س) بسیار محبت کرده است، حتی تا سالها پس از آن بین او  و امام(س) کارت تبریک رد و بدل می شد. از ساواک ایران هم شخصی به نام حسن آقا که از لحاظ اخلاقی آدم خوبی بوده، با مرحوم والد زیاد انس داشته است. می گفتند: مرحوم والد یک بار به شدت او را دعوا کرده بوده که چرا صدای رادیوی ایران را در حضور امام(س) بلند کرده است. او هم به گریه افتاده بوده و امام(س) رفته و او را دلداری داده بودند.
معرفت ناب

 یکی از شاخصه هایی که در ایشان وجود داشت و از همه مهمتر بود و بیشتر خودنمایی می کرد، دین باوری، ایمان به خداوند، رسالت و ولایت بود، به صورتی که این اعتقاد و تدین در ابعاد گوناگون زندگی ایشان خودنمایی می کرد. این شاخصه ارزنده ای است و به اصل آفرینش و هدف اصلی خلقت باز می گردد و وظیفه اصلی هر انسان در مقابل خداوند هم چیزی جز این نیست که به او ایمان داشته باشد و او را از سر شعور بشناسد، نه این که کورکورانه عبادتش کند. این شاخصه در تمام ابعاد زندگی ایشان وجود داشت، چه در برخوردهای اجتماعی و چه در برخوردهای خصوصی و خانوادگی، از بزرگترین مسایل تا کوچکترین آنها تا آنجا که دوستان و نزدیکان از دیدار ایشان، معانی عرفانی برایشان تداعی می شد. معرفت نابی نسبت به ائمه اطهار(ع) داشت، بخصوص نسبت به حضرت سید الشهداء(ع) که معرفت نادری بود. این از التزام او نسبت به زیارت این بزرگواران معلوم بود. البته معرفت مراتبی دارد، اما ایشان از مراتب والای آن برخوردار بود.

نام مصطفی برازنده او بود
من خیلی دوست داشتم که نامش «مصطفی» باشد و نمی دانم آقا چه دوست داشتند، ولی من ایشان را راضی کردم و گفتم که چون نام پدرتان مصطفی بوده است بسیار مناسب است و آقا هم راضی شدند و اسمش را «محمد» گذاشتیم، لقبش را «مصطفی» و کنیه اش را «ابوالحسن» گذاشتیم، ابوالقاسم نگذاشتیم که هر سه مشابه حضرت رسول(ص) نشود.

مونس پدر
بعد از تبعید آقا به ترکیه، مصطفی جواب گوی مردم و اجتماعات بود و به فعالیت ادامه داد. به همین جهت او را هم گرفتند و به زندان بردند. دو ماه در زندان بود و بعد از دو ماه او را آزاد کردند، چون عقیده ساواک این بود که دیگر مردم متفرق شده اند و حوادث را از یاد برده اند. مصطفی هم تا آزاد شد به قم آمد و به صحن رفت، و آنجا جمعیت جمع شد و با سلام و صلوات او را به خانه آوردند. دو یا سه روز هم در منزل بود ولی وقتی دیدند که مردم قم هنوز آرام نشده اند، ریختند و او را هم گرفتند و به ترکیه تبعید کردند.
 مصطفی می گفت: «چه خوب شد که مرا بردند، چون آن شب را در یک منزل خیلی شیکی گذراندم و جاهای شیک را هم دیدم.»
این خواست خدا بود که مصطفی را به نزد آقا ببرند، زیرا آقا خیلی تنها بود و مصطفی مونس خوبی برای او بود.
در این یک سال که آنها در ترکیه بوده اند، همه فعالیت آنها کار علمی بوده است. بعدا شنیدم که مصطفی در ترکیه دو کتاب نوشته است. و آن طوری که خودشان می گفتند، داداش از آقا مراقبت می کرده و حتی غذا درست می کرده است. در ترکیه گاهی هم مصطفی با علی بیک (نگهبان آنها) به تماشای اطراف می رفته است.

مگر می شود پدر گریه نکند!
او نه فقط خیلی احترام به آقا می گذاشت، خیلی هم مراقبت می کرد، در غذا و در بقیه مسایل خیلی رعایت می کرد حتی این که آقا تنها نماند. و در کارهای آقا نظارت می کرد. وقتی کسالتی پیدا می شد، فورا دکتر می آورد و سؤال می کرد که غذا چیست. مقید بود که یا هر روز یک روز در میان بیاید و با آقا بنشیند و صحبت کند.
از سیاست خیلی حرف می زدند. اخبار و مسایل جامعه را به آقا منتقل می کرد، چرا که هم بیشتر در اجتماع بود و هم با ایرانی ها در ارتباط بود.
به طور کلی این پدر و پسر با هم رفیق بودند و به هم خیلی علاقه داشتند. مرگ داداش هم آقا را خیلی ناراحت کرد. من زن بودم و داد می زدم و گریه می کردم، ولی او مرد بود و مردی که اطرافش بودند و نمی توانست گریه کند. در مردم می گفت من مصطفی را برای آینده اسلام می خواستم ولی در شب من می دیدم که گریه می کرد. مگر می شود پدر گریه نکند! آقا روز، خودش را نگه می داشت ولی من شب ها بیدار بودم و می دیدم که واقعا گریه می کرد. برای مصطفی به طور خاصی گریه می کرد.
همین علاقه بود که برایش چهل نفر را برای نماز وحشت گرفت. و شب هفت شام داد به طوری که هر که می خواهد بیاید بخورد.
  او را در تمام مستحباتم شریک کرده ام

برای ایشان، امام(س) هم رهبر و مرجع و هم پدر بودند، روابطشان با امام(س) خیلی صمیمی بود، برای امام(س) احترام بسیار قایل بودند و امام(س) هم متقابلا چنین حالتی داشتند و ما می دیدیم که وقتی ایشان وارد می شوند، حالت چهره امام(س) عوض می شد، و این خود ناشی از علاقه ای بود که امام(س) به ایشان داشتند و یکی از دلایلش این بود که به {حدود}مدت 15 سال در یک شهر غریب، با یکدیگر مأنوس شده بودند، برای مادرمان هم احترام بسیاری قایل بودند. با این که خودشان شخصیتی بودند، در حوزه درس داشتند، ولی موقع ورود به منزل خم می شدند و دست مادرمان را می بوسیدند و می نشستند؛ یعنی اگر مادر می نشست، ایشان بلند می شدند و تواضع می کردند.
مرحوم حاج آقا مصطفی(ره) زندگی و عمر خویش را فدای اسلام و راه و هدف پدرش کرد. همان طور که گفتم آن چه مسلم است شهادت ایشان در پیش برد انقلاب اسلامی بسیار مؤثر بود.
ایشان از نظر فقهی، در سطح عالی بود؛ خود مجلس درس داشت، ولی در عین حال، در درس حضرت امام(س) شرکت می کرد و یکی از شاگردان ممتاز ایشان محسوب می شد. می گویند: ایشان تنها شاگردی بود که در درس ها، نسبت به حضرت امام(س) اشکال می کرد.
دشمن فکر می کرد می تواند با ضربه زدن به امام(س) ایشان را از صحنه مبارزه خارج کند. برای آنها بهترین ضربه به امام(س) این بود که بهترین اولادش را بگیرند؛ فرزندی که برای ایشان، هم اولاد بود، هم دوست و یارو یاور. و در تمام اوقات زندگی، در تمام مبارزات پشت سر امام بود، حتی پس از تبعید امام به ترکیه که می خواستند او را مجبور به سکوت کنند، مقاومت کرد و گفت راه امام(س) را دنبال می کنم، لذا ایشان هم به ترکیه تبعید شدند. یک سال در ترکیه بودند سپس با امام به نجف رفتند و 13 سال از بهترین دوران عمر خود در آنجا سپری کردند. خدا می داند ائمه ما در این آب و خاک چه زجری کشیدند. ایشان 35-34 ساله بودند که به عراق رفتند و 48 ساله بودند که شهید شدند.

پیشتاز نهضت
وجود ایشان در نجف، در کنار حضرت امام(س) حیاتی بود. او از پیشتازان این نهضت بود و در دو جهت فعالیت می کرد: سیاسی، مبارزاتی و علمی. ایشان خود در جایی می گفت: «در راه آزادی، کشته ها خواهیم داد و بالاخره پیروزی، ثمره پایداری است». او همان گونه که خود آرزو داشت، از جمله شهدای این انقلاب گردید. شهادت او حلقه اتصالی بین 15 خرداد 1342و 22بهمن 1357 شد. بدین دلیل، حضرت امام(س) مرگ ایشان را به عنوان یکی از الطاف خفیه الهی تعبیر نمودند. او یک دانشمند و از نظر فقه، اصول، فلسفه و ادبیات عربی و فارسی در سطح عالی بود. در دورانی که حضرت امام (س) از نجف انقلاب را رهبری می کردند، ایشان یار و یاور و همکار شایسته ای برای آن حضرت بود. او به قدری نسبت به امام(س) احترام قایل بود که با وجود آن که سنی از او گذشته و حتی به اجتهاد رسیده بود، از ایشان اطاعت می کرد و راحتی و آسایش ایشان را بر خود مقدم می داشت. گاهی می دیدیم که حضرت امام(س) در اثر مبارزات و ریاضت، دچار ضعف شدیدی می شدند. او بیش از حد معمول نسبت به حضرت امام(س) علاقه مند بود، زیرا وجود ایشان را برای رهبری انقلاب ضروری می دانست.

 عاشق پدر
او برای پدر گرامی اش احترام خاصی قایل بود و حضرت امام(س) هم به حاج آقا مصطفی(ره) احترام خاصی می گذاشتند. مصطفی (ره) عاشق امام(س) بود، گرچه ایشان همیشه در حال مسافرت بود و بسیار کم به منزل می آمد، ولی وقتی به عراق رفت، تمام همش معطوف به امام(س) بود و فقط به خاطر ایشان در نجف مانده بود، و امام(س) نیز عجیب در مرگش مقاومت کردند؛ همان گونه که همه مردان خدا توکل بر خدا می کنند و هر چیزی را در راه او فدا می کنند.